Section 3: Gene Annotation

    Recent work in genomics has revealed a number of new mechanisms by which

    DNA can be transcribed, new ways in which functional products can be

    assembled from mRNA transcripts and new ways in which mature RNAs can be

    translated into protein. There has been extensive discussion of how best

    to define the gene in the light of these phenomena, about the significance

    of 'gene counts' under various definitions of the gene and about how

    valuable the traditional notion of the gene remains when annotating genomes

    for the purposes of contemporary genomics. We aim to compare some of these

    ideas to the views of a wide range of working biologists.

    To keep the questionnaire short, we are asking each person about only six

    of these phenomena. However, if you request the background information

    package at the end of the questionnaire, you will receive details on all

    the phenomena.

    Note 1: Some of the terms used to describe the following six cases might be unfamiliar to 

    you or have changed their meaning to accommodate to newly detected complexities of gene 

    expression. There will be a link to a glossary at the end of each page of all following

    cases, opening in a separate window.

    Note 2: Some of these phenomena may be unfamiliar to you if they do not occur in the

    systems with which you work, but your 'at first glance' response is nevertheless very relevant

    and useful to us. Most of the phenomena we mention are now documented in mammalian genomes.

    Note 3: In the diagrams below italic upper-case letters (A, B, C...) are used as theoretically

    neutral labels for sections of DNA sequence. If upper-case letters are used to mark part of

    a RNA transcript, they refer to the DNA sequence from which that transcript was derived.